چندسال پس از اتفاقات قسمت اول ، جوناس تیلور که در حال مطالعه بر روی یک مگالودون جوان، که در اسارت نگهداری می شود،می باشد. سایر اعضای تیم های تحقیقاتی در گودال «ماریانا» جایی که مگالودون برای اولین بار در آن یافت شد،کاوش می کنند،در حین تحقیقات آنها موجودات ماقبل تاریخ دیگری به نام کرونوسوروس را کشف می کنند. این موجود خزنده دریایی بزرگی بود که برای شکار دسته جمعی تکامل یافته بود و در اعماق این گودال زندگی می کرد. اکنون جوناس در مواجهه با این موجود جدید علاوه بر مگالودون ها، باید با خطرات بسیار زیادی دست و پنجه نرم کند تا بتواند از مهلکه جان سالم به در ببرد...

داستان جوناس تیلور، فردی که از حمله‎ ی یک بزرگ‌دندان یا همان "مگالودون" که ادعا می‎کند به هفتاد فوت می‎رسید فرار کرده است. اما اکنون باید افرادی که در یک زیردریایی گرفتار شده ‎اند را نجات دهد.